В последние дни Второй мировой войны молодой пилот-камикадзе Коити Сикисима, не выполнив приказ о самоубийственной атаке, совершает вынужденную посадку на небольшом острове Одо, где располагается ремонтный пост японской армии. Его решение сохранить собственную жизнь, которое он сам воспринимает как проявление трусости, мгновенно омрачается кошмарным событием – с наступлением темноты на базу нападает гигантское доисторическое существо, которое местные жители в ужасе называют Годзиллой. Чудовище, будто сама стихия разрушения, уничтожает почти весь гарнизон, и Коити, оказавшись лицом к лицу с тварью, вновь замирает, парализованный страхом, не решаясь выстрелить в него из имеющегося оружия. Эта встреча и чувство глубокого стыда за свою нерешительность станут травмой, которая определит всю его дальнейшую жизнь. Вернувшись в Токио, Коити находит свой родной город в руинах, а свой дом – разрушенным, и узнаёт о гибели родителей. Пытаясь собрать осколки жизни, он встречает Норико, молодую женщину, которая, как и он, потеряла всю семью во время бомбардировок, и теперь заботится о маленьком мальчике по имени Акио, спасённом ею из-под завалов. Они образуют хрупкое, но трогательное подобие семьи, пытаясь построить новую жизнь на пепелище старой. Годы идут, Коити находит работу в опасной, но необходимой команде по разминированию Токийского залива, где экипажи на утлых деревянных судах обезвреживают тысячи морских мин, оставшихся после войны. Кажется, что страна понемногу залечивает раны и смотрит в будущее, однако тень прошлого не отпускает. Во время одной из рабочих смен в заливе происходит новое, ещё более ужасающее столкновение: из морских глубин вновь появляется Годзилла, теперь чудовищно преображённый и увеличенный в размерах после американских ядерных испытаний на атолле Бикини. Монстр, превратившийся в ходячее воплощение ядерного апокалипсиса, теперь представляет собой не просто гигантского ящера, а живую катастрофу, несущую радиоактивное излучение и полное уничтожение. Эта новая встреча становится для Коити и всей Японии точкой невозврата, где личные демоны прошлого сливаются с реальной, физической угрозой, бросающей вызов не только выживанию отдельного человека, но и существованию всей нации, только-только начавшей подниматься с колен. История превращается в борьбу не просто с внешним чудовищем, а с внутренними призраками вины, страха и цены, которую приходится платить за жизнь в мире, где сама природа, искажённая рукой человека, восстала против него в образе непобедимого титана.